｢風来のシレンMEGA2｣では、LIVE機能の搭載により、他プレイヤーのプレイを観戦しながら｢応援メッセージ｣を送れるようになりました。また、メッセージは従来の定型文を組み合わせるタイプから、自由に文章を作成できる｢フリーワード｣に進化し、自由度の高いメッセージを伝えられるようになりました。
また、ダンジョンで倒れてしまったプレイヤーを他のプレイヤーが救助に向かえる｢風来救助隊｣機能も搭載し、観戦と同様に｢応援メッセージ｣を送ることができるので、応援メッセージを送りながら救出される様子を観戦することができます。

従来の｢風来のシレン｣に比べ、本作｢風来のシレンMEGA/MEGA2｣では、シレンやモンスター、背景などのキャラクターサイズ・アニメーションパターンを一新！　同様に、モンスターの特殊攻撃・アイテム使用時のエフェクト・剣や盾の装備もグラフィック・アニメーションが強化されており、大容量がもたらす迫力のダンジョン探索がお楽しみいただけます。

本作では、1フロアあたりの面積が従来よりも拡大され、より本格的なダンジョン攻略を楽しむことができます。
また、ダンジョン攻略に欠かせないマップ表示機能も、従来のシレンでは｢探索→マップ｣の画面切り替え表示のみでしたが、本作では通常の画面切り替え表示に加え、｢探索をしながらマップを表示｣できるようになりました。

突如ダンジョンに出現する｢店｣。ギタンと引き換えに様々なアイテムを購入(売却)するのが通常の利用法ですが、つるはしや巻物・杖を上手く使えば、何とアイテムの｢泥棒｣も可能！
また、携帯シリーズ初・ボスキャラクターが各ダンジョンに登場！　通常のモンスターより巨大なボスは、多彩な動きと強力な技で攻撃してきます。また、ボスを倒さないと階段が出現しないため、アイテムや装備には充分気をつけましょう。